南瓜不僅有較高的食用價值，而且有著不可忽視的食療作用。據《滇南本草》載：南瓜性溫，味甘無毒，入脾、胃二經，能潤肺益氣，化痰排膿，驅蟲解毒，治咳止喘，療肺癰便秘，並有利尿、美容等作用。國內外醫學專家、學者研究實驗表明，食南瓜，還有治療前列腺肥大（南瓜子可治前列腺肥大）、預防前列腺癌、防治動脈硬化與胃粘膜潰瘍、化結石作用。

南瓜分泌的膽汁可以幫助我們促進腸胃蠕動，幫助食物消化，同時其中的果膠可以讓我們免受粗糙食品的刺激，保護我們的胃膠道粘膜。另外南瓜可以使肝、腎功能得到恢復以及再生的能力，因為南瓜可以消除致癌物質亞硝酸的突變作用。