冬瓜中的不少化學成分具有顯著的生理活性。冬瓜果肉含有腺嘌呤、β-谷甾醇、羽扇豆醇、十三烷醇、甘露醇、鼠李糖、葫蘆素β等多種功能性成分。冬瓜瓤含葫蘆巴鹼（tfigonelline）、組氨酸、腺嘌呤、維生素B1、C、E等。冬瓜皮含蠟類及樹脂類物質等。冬瓜籽含皂甙0.6%，尿素、尿素分解酶、脂肪油、瓜氨酸、組氨酸、蛇麻脂醇，甘露醇，β-谷甾醇等，尤其以維生素B1含量相當豐富。