皮蛋的營養價值高於鮮蛋。這是由於鹼、酶及微生物的作用下，蛋內一部分蛋白質分解成簡單蛋白質及氨基酸，使皮蛋中氨基酸含量增加，有試驗表明，沒100克可食皮蛋中，氨基酸總量高達32毫克為鮮蛋（每百克含2.8毫克）的11倍，且除甲硫氨酸、脯氨酸、賴氨酸不存在外，其他氨基酸均比鮮蛋高。而簡單蛋白質及氨基酸均易於被人體消化吸收，從而提高了皮蛋的消化吸收率。同時蛋白質的分解形成的硫化氫和氨對皮蛋特殊風味的形成有很大作用；某些氨基酸本身就是鮮味物質，因此，皮蛋的風味優良，可增進人的食慾。此外，硫與蛋內鐵及其他金屬元素和色素物質作用，形成皮蛋特有的絢麗色彩，這對刺激人食慾具有很大作用。