木瓜中的木瓜蛋白酶，可将脂肪分解为脂肪酸；现代医学发现，木瓜中含有一种酵素，能消化蛋白质，有利于人体对食物进行消化和吸收，故有健脾消食之功。番木瓜碱和木瓜蛋白酶具有抗结核杆菌及寄生虫如绦虫、蛔虫、鞭虫、阿米巴原虫等作用，故可用于杀虫抗痨。
1、选购木瓜诀窍：木瓜有公母之分。公瓜椭圆行，身重，核少肉结实，味甜香。母瓜身稍长，核多肉松，味稍差。生木瓜或半生的比较适合煲汤；作为生果食用的应选购比较熟的瓜。木瓜成熟时，瓜皮呈黄色，味特别清甜。皮呈黑点的，已开始变质，甜度、香味及营养都已被破坏了。
2、木瓜中的番木瓜碱，对人体有小毒，每次食量不宜过多，过敏体质者应慎食。怀孕时不能吃木瓜只是怕引起宫收缩腹痛，但不会影响胎儿。